> BBSをダウンロードして、「cjboard.cgi」っていうファイルのいろいろな変更しましたｏその後ってどうすればいいのですか？

FTPソフトを使ってご利用のサーバーへ転送して下さい。
その際、必ず、.cgi.log.dat.palなどの各ファイルは
アスキーモード（テキストモード）で、アイコンなどの
gif画像はバイナリモードでアップロードしてください。
次にパーミッションの設定をして下さい。それぞれの設定値は設置構成例を見てください。
無事に設置できていることを確認後、HPにリンクを貼って完了です。
CGIへのリンクURL例は下記の通りです
http://www.aabbcc.com/cjboard/cjboard.cgi